Finalizó la temporada con 17 tantos en 31 encuentros, contribuyendo a la clasificación del equipo para la Copa de UEFA. Asimismo, fue el único futbolista del Ajax en 21 años – el último había sido Marco Van Basten (1986/87) – en anotar en un año 30 tantos en la Eredivisie. Finalizó como máximo anotador del Ajax – con 16 tantos en 16 encuentros – a pesar de haberse unido al equipo en enero; asimismo, fue el máximo realizador de la Eredivisie con 33 tantos. En la temporada 1998/99 pasó al equipo B y un año después se convirtió en el máximo anotador de la competición con 31 tantos. En la copa disputó 2 partidos, pero fueron eliminados en cuartos de final y en la Liga de Campeones fueron eliminados en octavos de final, nueva camiseta del inter en cuya competición disputó 3 encuentros. En la eliminatoria que daba la clasificación a la fase final de la Liga de Campeones anotó 2 tantos en el encuentro de ida, disputado en el estadio del Ajax ante el F.C.

El Ajax finalizó subcampeón, con lo que tuvo que disputar una serie de eliminatorias para lograr la clasificación para la Liga de Campeones. Ese mes anotó 9 tantos en 7 encuentros, incluyendo uno ante el Inter de Milán en su debut en la Liga de Campeones de la UEFA. El 20 de octubre anotó en la victoria por 5-1 sobre el Ferencváros T. C. en Liga de Campeones. 15 de febrero – en la victoria por 0-4 del equipo ante el Sporting de Gijón en El Molinón. En el encuentro inaugural de la temporada anotó 4 tantos en la victoria (8-1) ante su exequipo, el De Graafschap. Su último partido oficial con Cerro Porteño fue el 6 de diciembre de 2014 en la victoria del equipo 2-0 ante Sol de América. El 23 de noviembre de 2002 debutó en la victoria (0-3) de su equipo ante el RBC Roosendaal, sustituyendo en el minuto 76 a Mateja Kežman. El Ajax disputó entonces la Copa de la UEFA, donde anotó 7 tantos en 7 encuentros, incluyendo uno ante el SV Werder Bremen, equipo que les eliminó en la tercera ronda.

Fue nombrado vicecapitán del Ajax tras completar su primera temporada en el club. Durante esta etapa un cazatalentos del Go Ahead Eagles se fijó en él, pero la distancia del trayecto a Deventer evitó que se uniera al club. El 25 de julio de 2011, Jérémy Ménez regresó a Francia firmando durante tres temporadas con el París Saint-Germain, club al que apoyaba desde que era pequeño. El 14 de agosto debutó con su nuevo equipo durante la disputa de un torneo amistoso, el TIM Trophy. El equipo de Munúa tuvo un buen desempeño por la Copa Libertadores, siendo eliminado por penales por Boca Juniors. El NK Dinamo Zagreb los eliminó también de la Copa de la UEFA, a pesar de que anotó 2 tantos en los 2 encuentros. Anotó 2 tantos en el encuentro de vuelta ante el Heerenveen, quedando la eliminatoria 4-1 y también ganaron 4-2 al AZ Alkmaar logrando la clasificación. En toda la segunda vuelta sólo se perdieron 2 partidos, lo que llevó al equipo al 2º puesto logrando así el subcampeonato tras un Real Madrid intratable. Ya en sus últimas temporadas en el Real Madrid, el de Torrejón, portaba en su camiseta Guti HAZ, en representación de su segundo apellido, Hernández, y las iniciales de sus hijos: Aitor y Zaira.

Sumando los tantos de las tres competiciones, concluyó la temporada anotando 36 goles en 51 encuentros. En invierno ya había anotado diez tantos en 17 encuentros. En total disputó nueve encuentros con el De Graafschap – uno como titular y ocho como sustituto – siendo incapaz de anotar; como consecuencia de los malos resultados el equipo decidió no renovarle el contrato. Europa—, habiéndola disputado desde entonces un total de cincuenta y una temporadas con ausencia en quince ediciones; es, por tanto, el club con más presencias. En total anotó 44 tantos en 47 encuentros en las tres competiciones que disputó. En la copa neerlandesa anotó 4 tantos en 6 encuentros, incluyendo el tanto del empate en la final ante el AZ, que concluyó 1-1 tras el tiempo de descuento. El gol del empate fue la polémica del partido. En la ida en la Bombonera fue empate 2-2: Ramón Ábila y Darío Benedetto marcaron para Boca, mientras que Pratto y Carlos Izquierdoz (en contra) lo hicieron para River.

Aparte de Batistuta, Sergio Goycochea, Leonardo Astrada, Claudio Caniggia, Diego Simeone (que llevaba la camiseta con la emblemática dorsal 10 en ausencia de Maradona), Darío Franco y Leo Rodríguez fueron algunos de los jugadores más destacados de la albiceleste. Vocales: Juan Murga, Adolfo Astoreca, Darío Arana y Alberto Zarraoa. Terminó la temporada con 33 tantos en 34 encuentros, volviendo a convertirse en el máximo anotador de la Eredivisie. En la temporada 1997/98 se convirtió en el máximo anotador del De Graafschap C tras anotar 33 tantos en 20 encuentros. Máximo goleador histórico de la Copa Africana de Naciones. Finalizó la temporada como máximo anotador de la competición – con 26 goles en 35 encuentros – además de ser nombrado mejor futbolista en la Eerste Divisie. Copenhagen (2-1); no obstante, camiseta inter la derrota de los neerlandeses en Dinamarca (2-0) los eliminó de la competición. Pinilla nuevamente jugó dos cotejos contra Argentina (1-2) y Bolivia (2-1) ambos en fase de grupos, sin anotar. Aunque Suecia sufrió una eliminación en la fase de grupos, Ibrahimović fue nombrado dentro del Equipo del Torneo por sus buenas actuaciones y por sus goles.